شهيد اوّل‏ رحمه الله در كتاب »ذكرى« مى‏ گويد: ابن ابى عقيل براى قنوت دعايى كه از حضرت‏ اميرالمؤمنين على‏ عليه السلام روايت شده؛ برگزيده، و آن دعا اين است:

أَللَّهُمَّ إِلَيْكَ شَخَصَتِ الْأَبْصارُ، وَنُقِلَتِ الْأَقْدامُ، وَرُفِعَتِ الْأَيْدي، وَمُدَّتِ‏الْأَعْناقُ، وَأَنْتَ دُعيتَ بِالْأَلْسُنِ، وَإِلَيْكَ سِرُّهُمْ وَنَجْواهُمْ فِي الْأَعْمالِ، رَبَّنَا افْتَحْ‏بَيْنَنا وَبَيْنَ قَوْمِنا بِالْحَقِّ وَأَنْتَ خَيْرُ الْفاتِحينَ.

أَللَّهُمَّ إِنَّا نَشْكُو إِلَيْكَ غَيْبَةَ نَبِيِّنا وَقِلَّةَ عَدَدِنا، وَكَثْرَةَ عَدُوِّنا، وَتَظاهُرَ الْأَعْداءِعَلَيْنا، وَوُقُوعَ الْفِتَنِ بِنا، فَفَرِّجْ ذلِكَ اللَّهُمَّ بِعَدْلٍ تُظْهِرُهُ، وَإِمامِ حَقٍّ تُعَرِّفُهُ، إِلهَ الْحَقّ‏آمينَ رَبَّ الْعالَمينَ.

و همچنين مى ‏گويد: براى من نقل شده است كه امام صادق‏ عليه السلام به شيعيان خود دستور مى ‏فرمود كه در قنوت بعد از كلمات فرج اين دعا را بخوانند.

ابن مقاتل گويد: حضرت امام رضا عليه السلام از من پرسيد: شما در قنوت نماز جمعه، كدام دعا رامى‏ خوانيد؟
عرض كردم: آنچه مردم مى‏ خوانند، همان را مى ‏خوانيم. حضرت فرمود: دعايى را كه آنها مى ‏خوانند نخوان؛ بلكه در قنوت اين دعا را بخوان:

أَللَّهُمَّ أَصْلِحْ عَبْدَكَ وَخَليفَتَكَ بِما أَصْلَحْتَ بِهِ أَنْبِياءَكَ وَرُسُلَكَ، وَحُفَّهُ

بِمَلائِكَتِكَ،وَأَيِّدْهُ بِرُوحِ الْقُدُسِ مِنْ عِنْدِكَ، وَاسْلُكْهُ مِنْ بَيْنِ يَدَيْهِ وَمِنْ خَلْفِهِ

رَصَداً يَحْفَظُونَهُ‏مِنْ كُلِّ سُوءٍ، وَأَبْدِلْهُ مِنْ بَعْدِ خَوْفِهِ أَمْناً، يَعْبُدُكَ لايُشْرِكُ بِكَ

شَيْئاً، وَلاتَجْعَلْ لِأَحَدٍمِنْ خَلْقِكَ عَلى وَلِيِّكَ سُلْطاناً، وَأْذَنْ لَهُ في جِهادِ عَدُوِّكَ

وَعَدُوِّهِ، وَاجْعَلْني مِنْ‏أَنْصارِهِ، إِنَّكَ عَلى كُلِّ شَيْ‏ءٍ قَديرٌ.

اين دعاي دست را سيّد بن طاووس‏ رحمه الله در مهج الدعوات و مرحوم كفعمى در البلد الأمين از حضرت ‏صاحب الزمان ارواحنا فداه نقل نموده ‏اند:

   أَللَّهُمَّ صَلِّ عَلى مُحَمَّدٍ وَآلِ مُحَمَّدٍ، وَأَكْرِمْ أَوْلِيائَكَ بِإِنْجازِ وَعْدِكَ، وَبَلِّغْهُمْ

دَرْكَ‏ما يَأْمُلُونَهُ مِنْ نَصْرِكَ، وَاكْفُفْ عَنْهُمْ بَأْسَ مَنْ نَصَبَ الْخِلافَ عَلَيْكَ، وَتَمَرَّدَ

بِمَنْعِكَ‏عَلى رُكُوبِ مُخالَفَتِكَ، وَاسْتَعانَ بِرِفْدِكَ عَلى فَلِّ حَدِّكَ، وَقَصَدَ لِكَيْدِكَ

بِأَيْدِكَ،وَوَسِعْتَهُ حِلْماً لِتَأْخُذَهُ عَلى جَهْرَةٍ، وَتَسْتَأْصِلَهُ عَلى عِزَّةٍ.

   فَإِنَّكَ اللَّهُمَّ قُلْتَ وَقَوْلُكَ الْحَقُّ »حَتَّى إِذا أَخَذَتِ الْأَرْضُ زُخْرُفَها وَازَّيَّنَتْ

وَظَنّ‏أَهْلُها أَنَّهُمْ قادِرُونَ عَلَيْها أَتاها أَمْرُنا لَيْلاً أَوْ نَهاراً فَجَعَلْناهُمْ حَصيداً كَأَنْ لَمْ

تَغْنَ‏بِالْأَمْسِ كَذلِكَ نُفَصِّلُ الْآياتِ لِقَوْمٍ يَتَفَكَّرُونَ، وَقُلْتَ »فَلَمَّا آسَفُونَا

انْتَقَمْنامِنْهُمْ، وَإِنَّ الْغايَةَ عِنْدَنا قَدْ تَناهَتْ، وَإِنَّا لِغَضَبِكَ غاضِبُونَ، وَإِنَّا عَلى

نَصْرِ الْحَقّ‏مُتَعاصِبُونَ، وَإِلى وُرُودِ أَمْرِكَ مُشْتاقُونَ، وَلِإِنْجازِ وَعْدِكَ مُرْتَقِبُونَ،

وَلِحُلُولِ‏وَعيدِكَ بِأَعْدائِكَ مُتَوَقِّعُونَ.

   أَللَّهُمَّ فَأْذَنْ بِذلِكَ، وَافْتَحْ طُرُقاتِهِ، وَسَهِّلْ خُرُوجَهُ، وَوَطِّأْ مَسالِكَهُ،

وَأَشْرِعْ‏شَرائِعَهُ، وَأَيِّدْ جُنُودَهُ وَأَعْوانَهُ، وَبادِرْ بَأْسَكَ الْقَوْمَ الظَّالِمينَ، وَابْسُطْ

سَيْفَ نَقِمَتِكَ‏عَلى أَعْدائِكَ الْمُعانِدينَ، وَخُذْ بِالثَّارِ، إِنَّكَ جَوادٌ مَكَّارٌ.